Nacido en San Diego, California, y mucho después graduado en la célebre facultad de cine de la UCLA, consiguió trabajar como director, productor, guionista y director de fotografía en varias películas relacionadas con la heredad latina en Estados Unidos. Ganó la aclamación del público y de la prensa por sus dos primeras películas, ambas producidas con presupuesto mínimo y coescritas por su esposa Anna Thomas.

Su debut fue The Confessions of Amans (1976), drama medieval que contaba con fotografía y edición del propio director y fue primer premio en el Festival de Chicago, y El Norte (1983), crónica sobre emigrantes guatemaltecos en el sur de California que ganó una nominación al Oscar como mejor guión.

No le fue tan bien a Nava con su incursión en filmes de temática menos próxima a sus intereses (la herencia latina) pero retornó al éxito clamoroso con My Family y Selena, una comedia de costumbres y un musical biográfico que lo ubicaron en la máxima consideración de la prensa y del público, al menos en cuanto a los cineastas latinos.

Después, entre finales de los años noventa y principios de los años 2000, Nava estuvo produciendo y dirigiendo para la televisión, hasta que en 2006 regresó con Bordertown, una película protagonizada por Jennifer López (cuya mitología Nava ayudó a modelar) que jugaba con los géneros de Hollywood, sin abandonar la preferencia del cineasta por los temas de la latinidad y del exilio mexicano.