Manuel Pérez Estremera comenzó su carrera en el mundo del cine escribiendo en revistas especializadas como Nuestro Cine. En los años setenta trabajó como ayudante de dirección en diferentes largometrajes —se vinculó especialmente con el cineasta Fernando Fernán-Gómez— y dirigió para Televisión Española (TVE), diversos documentales. En 1983 fundó el programa de información cinematográfica Fila 7, el que dirigió hasta 1986. Trabajó posteriormente en los departamentos de Proyectos y Producción Externa de TVE. A lo largo de todos estos años publicó algunos libros, como Nuevo cine latinoamericano (1969) y Correspondencia inacabada con Arturo Ripstein (1985).
Entre 1992 y 1994 Pérez Estremera dirigió el Festival Internacional de Cine de San Sebastián, en España. Más tarde se convirtió en director de los programas de cine de Canal +, entre ellos Magacine, para después convertirse en el responsable de los numerosos proyectos de cine español en los que participaba esta cadena. Su trabajo en Canal + lo alternó con la Cátedra de Producción que ejerció en la Escuela Internacional de Cine y Televisión de San Antonio de los Baños, Cuba, desde 1997. En 2004 se convirtió en Director General del Instituto de Cinematografía y de las Artes Audiovisuales (ICAA) de España. Al año siguiente fue nombrado Director de Televisión Española, cargo que ha ocupado hasta enero de 2007.
Ha recibido múltiples reconocimientos a lo largo de su carrera. Por ejemplo, el Premio Ciudad de Huelva, otorgado en 2004, en el marco del Festival de Cine Iberoamericano de Huelva. Pérez Estremera ha estado ligado a este certamen desde sus primeras ediciones, habiendo participado como miembro del Patronato de la Fundación Cultural Festival de Cine Iberoamericano de Huelva, mientras ostentaba el cargo de Director General del ICAA. En 2006 recibió el Premio Coral de Honor, concedido por el Festival Internacional del Nuevo Cine Latinoamericano de La Habana, Cuba, en reconocimiento a su carrera y sus esfuerzos por impulsar el cine latinoamericano. En 2007 fue homenajeado, junto con el productor Camilo Vives, en el Festival de Lima.