Estudia medicina, y abandona esa carrera por el drama y la interpretación, el ballet clásico y un postgrado de producción en California. En los años cincuenta monta un espectáculo y debuta como actor en El casto Susano (1952), de Joaquín Pardavé. En 1960 viaja a Cuba, donde filma el cortometraje Alfredo va a la playa y dirige y protagoniza El Show de Arau, para luego trasladarse a París donde estudia pantomima.

De nuevo en México dirige teatro, y antes de debutar en la realización, con El águila descalza (1969), revisa las cinematecas, para familiarizarse con el empleo del lenguaje cinematográfico. Luego, adapta la historieta Los supermachos, en la exitosa Calzoncín inspector (1973), para regresar a Cuba y realizar el documental Caribe, estrella y águila, en 1976.

La comedia de enredos chicanos Mojado Power (1979), además de varias incursiones en la actuación (La pandilla salvaje, El Topo, Romancing the Stone, Three Amigos) le dan continuación a su carrera en el cine, hasta que llega el exitazo Como agua para chocolate (1992), adaptación de la novela homónima de su esposa Laura Esquivel, quien además hizo el guión de esta mezcla de fantasía, erotismo, épica y costumbres.

Después, siguió produciendo sus filmes en Estados Unidos, hablados en inglés, y con grandes estrellas latinas: Un paseo por las nubes (1995), Picking Up the Pieces (1999) y la muy criticada Zapata, visión colorista y simplificadora del revolucionario mexicano, con la interpretación del cantante Alejandro Fernández.