Nace en Maputo, Mozambique. Ejerció en su país natal como crítico de cine, y se trasplantó al contexto europeo por sus estudios en el Institut des Hantes Études Cinématographiques (IDHEC), de París, para trabajar como asistente de varios directores franceses (Jean Delannoy y George Rouquier, entre otros). Más tarde se trasladó a Brasil, donde fueron realizadas sus principales películas, aunque puede decirse que Ruy Guerra es un cineasta internacional, pues ha realizado su obra en Mozambique, Brasil, Panamá, Cuba, México y Francia. Intervino como actor en filmes de otros directores, como por ejemplo, en la célebre Aguirre, la ira de Dios (1972), de Werner Herzog.

Volvió a Mozambique el día de la Independencia, el 25 de junio de 1975. En el país en cuyo movimiento por la liberación había participado siendo adolescente, ayudó a organizar la cinematografía nacional y colaboró en la creación del Instituto Nacional de Cine. Allí filmó los documentales como “Mueda: Memória e massacre” (1979), que reconstruye la masacre perpetrada por la administración colonial portuguesa en 1960 en el distrito homónimo, y “Os comprometidos – Actas de um processo de descolonização” (1984); ambos rescatan momentos históricos que culminaron en la independencia del país africano, y manifiestan las habituales inquietudes estéticas de Guerra.

Los fusiles es uno de los muchos filmes de los años sesenta que lidia con los problemas del Nordeste (conforma con Vidas secas y Dios y el diablo en la tierra del sol, una formidable trilogía temático-conceptual), particularmente con las supersticiones, la miseria, la sequía, el tiempo detenido. Ruy Guerra apostó por la discontinuidad del discurso narrativo, se evadió de los corsés que imponen los géneros tradicionales, y empleó códigos sociológicos, etnográficos y estéticos para ilustrar dos historias que invitan a la reflexión sobre historia y política, ejército y religión, poder y relaciones de clase. Como en otras grandes películas del Cinema Novo, lo popular se integra al sistema formal altamente intelectualizado y se emplea en tanto vehículo legítimo para contar la historia del sertón.

Con Dulces cazadores (1969), Los dioses y los muertos (1972) y La caída (1977), el cine de Ruy Guerra derivó a la búsqueda de un mayor interés comercial y esteticista, sin abandonar para nada el sesgo alegórico, izquierdista y político de toda su obra. Más cercanas al imaginario colectivo y al surrealismo latinoamericano, entendido como lo real maravilloso, y al cine de género, están Eréndira (1983), La ópera de malandro (1986) y Fábula de la bella palomera (1988), todas inspiradas en textos preexistentes que exaltaban idiosincrasias y culturas nacionales.

Después, se dedicaría a recrear plasticamente la América histórico-legendaria y real maravillosa, mediante la superproducción histórica (Kuarup, 1989), lo intimista kafkiano (Estorvo, 2000); en ambos casos afianzado en la extrema visualidad de la puesta y en el cuidado significativo de la escenografía y la ambientación, dos de los sellos que lo distinguen.  

Además de dedicarse al cine cuando encuentra la oportunidad y los recursos (su filme, La mala hora, de 2006, vuelve sobre la adaptación literaria de García Márquez), escribe obras teatrales, una crónica semanal en el diario O Estado de Sao Paulo, y ha dictado cursos de cine en varias universidades brasileñas y de otros países.

En 2020, su largometraje “Aos pedaços" conquistó los premios Kikito a la Mejor Dirección y Fotografía en la 48 edición del Festival de Cine de Gramado. El largometraje fue calificado por la prensa como experimental, una indagación en el tema del Otro, a través de cuatro personajes; un experimento sobre el tiempo repleto de referencias cinéfilas por descifrar.

En abril de 2021, el Festival É Tudo Verdade realiza una retrospectiva de su obra documental, para celebrar los 90 años de su nacimiento, que incluyó filmes rodados en Mozambique, como “Mueda: Memória e massacre” (1979) y “Os comprometidos – Actas de um processo de descolonização” (1984), que rescatan momentos históricos que culminaron en la independencia del país africano. La sección se completó con su biografía fílmica “O homem que matou John Wayne”.