Emilio El Indio Fernández nace en Coahuila, el 26 de marzo de 1904. Siendo un niño se hace soldado y en 1920 ingresa al Colegio Militar de donde es expulsado tres años después, y se marcha a los Estados Unidos. Entre 1925 y 1934 se desempeña como extra y bailarín de tango en Hollywood. Con una cámara prestada comienza a filmar y vislumbra las posibilidades de una estética mexicana en el cine cuando descubre las propuestas plásticas de ¡Qué viva México!, de Serguei Eisenstein. Regresa a México en 1931, decidido a convertirse en realizador.

Entonces inicia una intensa actividad como actor, bailarín y argumentista. Primero en Corazón bandolero (1934), de Raphael J. Sevilla, y luego en varias películas, entre las que destaca Janitzio (1934), de Carlos Navarro, cinta de corte indigenista, cuyo tema le inspira la posterior realización de María Candelaria (1943),  Maclovia (1948) y Adiós Nicanor (1937), de Rafael E. Portas, que protagoniza y escribe. Luce sus dotes como bailarín en María Elena (1935), de Rapahel J. Sevilla, y en 1936 en Las mujeres mandan y en Allá en el Rancho Grande, de Fernando de Fuentes.

Su primera participación como libretista es la coadaptación de Los muertos hablan (1935), de Gabriel Soria, seguida por trabajos para otros directores, hasta que finalmente, con la ayuda de David Silva y la asesoría de Raúl de Anda, dirige La isla de la pasión (1941).

A partir de su tercera realización, integra un equipo extraordinario: Gabriel Figueroa, Maurico Magdaleno, Pedro Armendáriz, Dolores del Río, María Félix, Columba Domínguez y Roberto Cañedo, con los que en el breve lapso de seis años logra, después de la Segunda Guerra Mundial, llamar la atención en Estados Unidos y Europa, tanto por su fuerza plástica y dramática, como por la consciente promoción de las costumbres y de los valores nacionales asociados a la Revolución Mexicana: Flor silvestre y María Candelaria, en 1943, Las abandonadas y Bugambilia en 1944, La perla, en 1945, Enamorada, en 1946, año en que participa como codirector nominal en The Fugitive de John Ford, Río escondido, (1947) y Maclovia y Pueblerina, en 1948.

Aunque su obra se asocia a la vida rural, lega en Salón México (1948) y Víctimas del pecado (1950) monumentos al danzón y a la música afroantillana, un leve pesimismo sobre los logros de la Revolución y un vivo deseo por recuperar el sórdido ambiente de los barrios bajos citadinos y de la vida de prostíbulo. En 1954 abandona la filmación de La rebelión de los colgados, que debe terminar Alfredo B. Crevenna, hasta Erótica (1978), su último trabajo como realizador.

Desde 1958 con La cucaracha, de Ismael Rodríguez, reaparece como actor de carácter en cintas nacionales y norteamericanas, en las que continúa casi hasta el día de su muerte, incluyendo la telenovela La traición (1984).

Su obra suma 98 películas como actor y 42 como director. Por su carácter visceral se involucra en varios hechos de sangre, entre otros, hiere al escenógrafo Carlos Grandjean en 1939, tirotea a unos periodistas en 1958 y en 1976 es arrestado por homicidio, lo que dificulta que termine la cinta México Norte. Su trabajo es reconocido varias veces con el Ariel y en 1984 recibe el Colón de Oro en Huelva, además de una cátedra con su nombre en la Escuela de Cine de Moscú.

Muere en 1986, debido a las complicaciones de una caída en la que se fractura la clavícula. En 1994 Televicine produce la versión libre de Salón México, bajo la dirección de José Luis García Agraz.

Su presencia y constante actividad lo convirtieron en un símbolo de continuidad para una maltrecha industria cinematográfica que daba tumbos sin lograr recuperar su antiguo prestigio. Su leyenda quedó firmemente enraizada en el imaginario fílmico mexicano, el cual no podría existir sin la presencia del Indio Fernández.