Cursó Ciencias Políticas en la Universidad de La Habana. Se incorporó al ICAIC en 1959, donde acumuló larga experiencia como documentalista. A este respecto se destaca Girón (1972), un documental de archivo y con técnicas de docudrama en el cual se emplean técnicas de la ficción y del cine espectacular de Hollywood.

En 1979 filmó su primer largometraje, la comedia No hay sábado sin sol, a la que seguirían el biopic histórico Capablaca (1986), el musical biográfico Zafiros, locura azul (1997) y el musical  retro Bailando Chachachá (2005).

Fue Presidente de la Federación de Cine Clubs de Cuba. Ha escrito guiones de cine y televisión y publicado cuentos adscritos al género de ciencia ficción, así como artículos y críticas cinematográficas en diversos periódicos y revistas. Ha sido jurado en diversos festivales y concursos literarios, y ha participado en numerosos eventos internacionales.

Manuel Herrera ha recibido, entre otras, la Distinción por la Cultura Nacional de la República de Cuba; la Medalla 300 Aniversario de la ciudad de Santa Clara y el Sello de Laureado.

Ha sido Jefe de Cátedra de Primer año en la Escuela Internacional de Cine y TV de San Antonio de los Baños, Cuba, y profesor de realización cinematográfica y guión en la Facultad de Arte de los Medios de Comunicación Audiovisual del Instituto Superior de Arte (ISA).

Actualmente, combina sus funciones de director cinematográfico con las de Director de la Cinemateca de Cuba.