La FNCL, sobre la base de los objetivos y funciones trazados por su Consejo Superior, estructura su quehacer en torno a tres ejes estratégicos:

DESARROLLO E INTEGRACIÓN DEL CINE EN AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE

Más que un eje de trabajo es el principio de la política institucional. Heredera directa del Movimiento del Nuevo Cine Latinoamericano, la Fundación nace con el propósito de contribuir, a través de los programas, proyectos y acciones a consolidar el concepto de espacio audiovisual latinoamericano y caribeño. Este propósito se concreta en el ámbito regional como tal, en su estructura y en sus órganos rectores. El impacto regional e internacional de los programas de la Fundación, dirigidos al fortalecimiento de las industrias cinematográficas y audiovisuales de la región, se percibe en el ejemplo de la Escuela Internacional de Cine y Televisión de San Antonio de los Baños, contituida por la FNCL en 1986, y devenida referente iberoamericano de la enseñanza audiovisual. Es prioritario en los planes de acción, la incorporación de las tecnologías de la información y la comunicación, su uso intensivo y la optimización de la vasta red de cineastas y profesionales del audiovisual.

PATRIMONIO CULTURAL AUDIOVISUAL: MEMORIA DE LA DIVERSIDAD

La preservación de la memoria cinematográfica y audiovisual latinoamericana y caribeña, desde sus orígenes, y en los diferentes soportes por los que ha transitado. Del cine silente al sonoro, tanto de ficción como documental, de largo y corto metraje, el video —desde  el video de los pueblos originarios hasta el joven video arte digital— y las producciones en multimedia. En segundo lugar, la FNCL incluye en este eje el rescate, preservación y difusión de la memoria documental y gráfica de las cinematografías latinoamericanas y caribeñas y de sus creadores, desde las trayectorias nacionales y regionales del movimiento del nuevo cine latinoamericano, la historia y aportación  del Comité de Cineastas de América Latina y el recorrido de la propia Fundación del Nuevo Cine Latinoamericano

CINE Y AUDIOVISUAL COMO INDUSTRIA CULTURAL

El cine constituye uno de los iconos de reconocimiento mutuo de realidades sociales, luchas, sensibilidades y sueños de millones de latinoamericanos. La FNCL ha intentado que se reconozca el valor estratégico de esta industria donde convergen lo tangible e intangible en su existencia económica-industrial e ideológico-cultural. De ahí que sus programas y proyectos prioritarios incorporen acciones destinadas a la formación y capacitación de recursos humanos, particularmente los jóvenes, a la creación o estimulación de espacios de contacto entre los propios cineastas de la región, y con potenciales fuentes financiadoras o coproductoras, estudios e investigaciones que contribuyan a diseñar políticas y estrategias regionales para el espacio audiovisual.  La Fundación trabaja con la perspectiva de considerar el fortalecimiento de las industrias cinematográficas y audiovisuales como garante fundamental de expresión de la diversidad cultural, de la memoria que atesora la existencia de los pueblos, y en la perspectiva de enriquecer los referentes socioculturales con énfasis en las nuevas generaciones cuyos referentes fundamentales provienen de los productos audiovisuales.